Em Yakuza 6, Kazuma Kiryu descobrirá exatamente o quanto as pessoas estão dispostas a sacrificar pela família – sejam laços de sangue ou laços – quando ele investigar uma série de eventos sombrios que envolvem aqueles que ele tem mais próximos de seu coração. Recém-saído de uma sentença de três anos de prisão, Kiryu, mais velho e desgastado, descobre que sua filha substituta, Haruka, desapareceu do orfanato que ele cuida. A trilha o leva ao seu antigo reduto em Kamurocho, onde ele descobre que ela foi atropelada por um carro e agora está em coma. Para piorar a situação, Kiryu descobre que Haruka agora tem um filho de quem deve cuidar. Com o bebê nos braços, Kiryu viaja para a cidade litorânea de Onomichi, Hiroshima, para desvendar a verdade sobre Haruka, seu filho e um segredo sinistro que a yakuza de Hiroshima está escondendo.