A história se passa no Japão, onde exorcismos são realizados por agentes do governo. O protagonista é Mizuki Shiraishi, exorcista do Kinki Spiritual Affairs Bureau. Shiraishi visita a vila Saiga em Nara para investigar um mistério em que todos os transes da vila foram apagados da internet. Ao chegar, ela descobre que todos os moradores desapareceram e que a vila está infestada com um número desproporcional de espíritos ilegais. A eletricidade, as comunicações e a internet na aldeia foram cortadas, e Shiraishi também descobre que alguém está mexendo os pauzinhos por trás do incidente. Shiraishi persegue o mistério com a ajuda de rádio de seu chefe Kohinata e de seu colega de trabalho júnior Maruoka.
Este jogo não é um clássico jogo de terror japonês onde você não pode lutar contra os fantasmas. No Kinki Spiritual Affairs Bureau, você é uma ameaça tão grande quanto os próprios espíritos!